Malezija je sestavljena iz dveh delov. Peninsular Malaysia je na koncu dolgega polotoka, ki se razteza od celinske Azije proti Indoneziji in Avstraliji . Velik del polotoka je prekrit z gosto dzunglo, se posebno hribovit severen del. Na zahodnem delu polotoka pa se razteza velika rodovitna ravnina vse do morja. Drugi del Malezije, ki prinasa tudi 50% povrsine, pa je malezijski Borneo, ki je ves prekrit z gosto dzunglo. Tu je tudi najvisja gora med Himalajo in Novo Gvinejo, Kinabalu visoka 4101 m.

Malezija ima tipicno tropsko podnebje, tako da je vroce in soparno cez celo leto. Temperatura redkokdaj pade pod 20 C, tudi ponoci. Ceprav je podrocje monsunsko, ima le vzhodna stran malezijskega polotoka pravo monsunsko obdobje. Dezuje tako skoraj vsak dan, a redko cel dan.